Franciszkanie zapuszczali się jako misjonarze pomiędzy pogański lud litewski jeszcze w XIII wieku, ale dopiero w pierwszej ćwierci XIV w. wielki książę litewski Gedymin sprowadził ich do Wilna, gdzie w roku 1323 mieli swój kościół i klasztor. Podczas nieobecności Gedymina, pogański lud wymordował w r. 1333 czternastu pierwszych osiadłych tu franciszkanów, jednych ścinając mieczem, innych siedmiu wbił na krzyże i z krzyżami wrzucił do rzeki Wilejki.

Poraz drugi, w 8 lat później (1341), wymordowano tu 36 franciszkanów, a w 60 lat potem (1403) sześciu jeszcze franciszkanów poniosło tu śmierć męczeńską. - Klasztor ten przetrwał aż do roku 1864, w którym przez rząd carski został zniesiony, kościół obrócony na archiwum krajowe, a klasztor zamieniono na użytek świecki.

Jeszcze za czasów franciszkańskich w obszernej izbie przy wejściu do klasztoru, około r. 1706 umieszczono w ścianie, w głębokiej framudze, wielką, kamienną (stukową) piękną figurę Niepokalanej NMP. - Skoro wypędzono stąd franciszkanów, a w klasztorze rozsadowiły się różne urzędy, z rozporządzenia rządu (1864) została ta figura zasłonięta deskami, ale przez szpary widać ją było. - W r. 1890 generał gubernator Kochanów kazał zarządowi miasta, na którego własność klasztor ten przeszedł, zupełnie usunąć ową figurę Niepokalanej, lecz członek zarządu, Feliks Pietraszkiewicz, któremu polecono to zrobić, zakrył ją lepiej deskami, a deski pokrył wapnem.

Z czasem tynk odpadł, a w deskach ktoś zrobił okienko, przez które jakby w więzieniu widać było Niepokalaną. Na wszystkich, którzy przechodzili, widok M[ożej] Bożej niewolnej, więzionej, robił nadzwyczajne wrażenie i już wówczas, spotykało się gromadki klęczące przed tak prześladowaną N. Panną modląc się do Niej gorąco. I działy się tu cuda i sława Uwięzionej rozchodziła się coraz dalej; posypały się prośby do gubernatora, do Petersburga, by wolno było Niepokalaną odsłonić, ale wszelkie te starania jak były bezowocne, tak znowu powiększały litość nad N. Panną i pobożność do Niej.

Nadszedł dopiero rok 1905, rok ukazu tolerancyjnego. Korzystając z tego, żyjący dotąd p. Ludwik Ostrejko, urzędnik magistratu, swoim kosztem i ze składek, przede wszystkim odsłonił ową figurę. Po odjęciu desek wyłoniła się na widok piękna postać Niepokalanej, z rękami na piersiach, stojąca na księżycu. Następnie zabrał się do urządzenia tu kaplicy, Z przedsionka klasztornego przez przebudowę ścian, uzyskał tyle miejsca, że powstała piękna kaplica; pod figurą ustawił ołtarz; sprawił kolorowe okna, urządził malutką zakrystyjkę i zdobył kilka celek klasztornych na mieszkanie dla kapelana.

Dnia 8 października 1906 r. ks. bp wileński Edward Ropp poświęcił, tę kaplicę wobec kilkónastotysięcznej rzeszy! ludu, który zaległ całe podwórze klasztorne przed ową kaplicą. Figura ta po Ostrej Bramie, cieszy się w Wilnie największą czcią - o cudach i łaskach tu doznawanych świadczą setki wotów koło figury i tłumy ludu, modlące się przed Nią. - W r. 1919 wrócili tu OO. Franciszkanie i osiedli przy tej kapliczce.