Czcigodny Sługa Boży bp Józef Sebastian Pelczar w swej żarliwej czci dla Maryi z racji teologicznej na pierwszy plan wysuwał Boże Jej Macierzyństwo; ze względu historyczno-narodowego widział w Niej Królową Polski; a ze względu historyczno-eklezjalnego (kościelnego) skupiał swą uwagę na Niepokalanym Poczęciu. Był on bardziej historykiem niż teologiem, dlatego w jego kulcie maryjnym ujęcie historyczne przeważa nad innymi punktami widzenia. Najbardziej jest to widoczne w jego czci Maryi jako Królowej Polski, ale też wyraźne w kulcie Niepokalanego Poczęcia.

Dla nas pierwszymi sygnałami jego czci dla Niepokalanej są pieśni, jakie wpisał do swego śpiewniczka studenckiego, a w 1865 r. -rozważania majowe na wezwania z Litanii Loretańskiej: "Matko niepokalana", "Matko nienaruszona", "Królowo bez zmazy pierworodnej poczęta".

Szczególnie głęboko przeżywał dogmat Niepokalanego Poczęcia podczas studiów w Rzymie. Dlatego później, w książce Pius IX i jego wiek, szczegółowo opisał przygotowanie dogmatyzacji, samą uroczystość w bazylice Św. Piotra na Watykanie oraz doniosłość tego wydarzenia. Przytaczając dekret dogmatyczny, spostrzega: "Kiedy Pius IX wymawiał te wiekopomne słowa, promień słoneczny, padający przez okno, okolił jego oblicze aureolą światła, iż zdał się podobnym do Mojżesza ogłaszającego ludowi Boże wyroki. Jakiś święty dreszcz przeniknął obecnych i wywołał z ich piersi natchniony okrzyk: Evviva Immacolata Vergine! (Niech żyje Niepokalana Dziewica!) Samego papieża także owładnęło wzruszenie, że z ócz jego puściły mu się strumienie łez, a głos zamarł w piersi".

Ogłoszenie dogmatu Niepokalanego Poczęcia Maryi uważał za opatrznościowe, miało bowiem ożywić wiarę w świecie katolickim i spotęgować pobożność względem Matki Bożej, iżby w czasach walki i ucisku zjednać Kościołowi Jej wszechwładną opiekę. Miało też potępić racjonalizm, odrzucający porządek nadprzyrodzony, i materializm, szukający raju na ziemi. Dlatego zauważa, że "gdy wierzący powitali takowe z uniesieniem, niedowiarkowie odpowiedzieli szyderstwem".

Duże znaczenie przypisywał objawieniom Maryi Niepokalanej: św. Katarzynie Labouré - w Paryżu 1830 r; Alfonsowi Ratisbonne w Rzymie 1842 r.; św. Bernadetcie Soubirous w Lourdes 1858 r. O tych i innych objawieniach Maryi pisał w kolejnych numerach "Posłańca Bractwa Maryi Królowej Korony Polskiej", a niejako uroczyście podsumował we Lwowie, w roku 1904, podczas pierwszego Kongresu Mariańskiego, na 50-lecie ogłoszenia dogmatu Niepokalanego Poczęcia, kiedy wygłosił wielką mowę na temat: Wiek XIX u stóp Najśw. Panny Maryi.

Podkreślał apologetyczną rolę Lourdes: "Zaprawdę, dzięki należy składać Bogu, że w czasach naszych, w których niedowiarstwo coraz zuchwalej buntuje się przeciw religii objawionej, Pan Bóg tak namacalnie zatwierdza porządek nadprzyrodzony i nie tylko daje wyraźne świadectwo dogmatowi Niepokalanego Poczęcia, ale przez to nowe zjawienie się Najśw. Panny miliony dusz pociąga do siebie".

Szczytem maryjnej pobożności i apostolstwa bpa Pelczara był rok 1904 - 50-lecie ogłoszenia dogmatu Niepokalanego Poczęcia. Sam zapisał najważniejsze swe czynności jubileuszowe: list pasterski, czynny udział w pielgrzymce polskiej do Rzymu i w Kongresie Mariańskim we Lwowie, celebracja jubileuszu 8 grudnia 1904 w Przemyślu, koronacja obrazu Matki Bożej w Dzikowie, pielgrzymka do Leżajska, założenie Sodalicji pań w Przemyślu, udział w koronacji Matki Bożej w Tuchowie.

Rok jubileuszowy ożywił kult Maryi w diecezji przemyskiej, co znalazło wyraz w koronacjach obrazów, a zwłaszcza obrazu Maryi Niepokalanej w Tuligłowach k. Pruchnika, w dawnym kościele Miechowitów, 8 września 1909 r. Bp Pelczar jako koronator wygłosił wówczas charakterystyczny dla siebie wywód [347]moralno-ascetyczny, że Maryi Niepokalanej należą się od nas trzy korony: korona łaski, korona cnót i korona apostolstwa.

Osobiście gorliwie czcił Niepokalaną, o czym świadczą dwa postanowienia: "Od dawna zobowiązałem się odprawiać co miesiąc jedną Mszę św. na podziękowanie Panu Bogu za Niepokalane Poczęcie N[ajśw]. P[anny] M[aryi] i za łaski przez Nią mi wyjednane" oraz odmawiać raz w tygodniu cząstkę różańca na podziękowanie Trójcy Przenajświętszej za Niepokalane Poczęcie Maryi.

Jako biskup dbał o uroczyste obchodzenie w diecezji Niepokalanego Poczęcia 8 grudnia, wprowadził święto objawienia się Maryi w Lourdes, popierał wotywy o Niepokalanym Poczęciu, roraty w Adwencie, śpiewanie w kościołach i w domach Godzinek o Niepokalanym Poczęciu Maryi. Był wybitnym sodalisem. W Krakowie kierował Sodalicją Mariańską kapłanów, w Przemyślu założył Sodalicję nauczycielek, kleryków i mężczyzn. Razem z katechetami organizował Sodalicję szkół średnich i uczestniczył we wszystkich zjazdach ich moderatorów. Nic więc dziwnego, że w pierwszą rocznicę jego śmierci w organie Sodalicji Mariańskiej ks. J. Jałowy zamieścił wspomnienie o nim pt. Homo Marianus! (Człowiek Maryjny).