Kościół w Portugalii jest jednym z najstarszych w Europie. Chrześcijaństwo przyszło tam w roku 587 wraz z Wizygotami, którzy zajęli rzymskie prowincje Luzytanię i Gallaecię. Kościół na Półwyspie Pirenejskim rozwijał się od początku bardzo prężnie, skoro na synodzie w Toledo w roku 589, zwołanym dla całej Iberii, zgromadziło się przeszło 70 biskupów. Na początku VIII wieku najazd arabski zniszczył królestwo Wizygotów, a islam rozszerzył się na cały Półwysep. Chrześcijanie przez siedemset lat dążyli do odzyskania utraconych terenów (okres tzw. reconquisty). W czasie walk z Arabami powstała "Terra Portucalensis", niewielkie hrabstwo, które dało początek późniejszemu królestwu Portugalii. W roku 1297 ustalone zostały granice tego państwa, które przetrwały bez większych zmian do dziś.
Przed reconquistą istniały trzy diecezje: Braga, Coimbra i Porto. Później erygowano pięć dalszych, m.in. Lizbonę, podniesioną przez papieża Klemensa XI w roku 1716 do godności patriarchatu. Dzisiejszy Kościół w Portugalii ma 20 diecezji, w tym 3 metropolie. Z końcem XII wieku powstał w Coimbrze uniwersytet. W tym stuleciu Portugalia wydała dwie wielkie osobowości: papieża Jana XXI i św. Antoniego zwanego Padewskim, choć urodził się w Lizbonie.
Portugalczycy żyli zawsze w cieniu wielkich sąsiadów: Hiszpanów, Francuzów i Anglików - i ulegali ich wpływom politycznym, kulturowym, filozoficznym, religijnym. Niemniej działalność Inkwizycji, wzorowanej na hiszpańskiej, była nieporównywalnie łagodniejsza, a ateistyczne i antyklerykalne idee rewolucji francuskiej pochwyciła zaledwie część elity kraju. Portugalia zawsze była traktowana jako państwo katolickie, jej mieszkańców uważano na głęboko religijnych. Dopiero rewolucja i wojna domowa w roku 1820 doprowadziła do władzy liberałów, którzy zerwali kontakty ze Stolicą Apostolską, zlikwidowali liczne w Portugalii zakony, ograniczyli działalność Kościoła oraz ingerowali w jego wewnętrzne problemy. Stan taki trwał do początku XX wieku, a nawet przez krótki czas przybrał jeszcze na sile. W roku 1910 po upadku monarchii dokonano prawnego rozdziału Kościoła od państwa i ponownie zerwano stosunki z Watykanem. Wywołało to protesty ze strony papieża Piusa X i biskupów portugalskich. Zmianę położenia Kościoła przyniósł dopiero zamach wojskowy w roku 1926 i uchwalenie nowej konstytucji gwarantującej uprzywilejowaną pozycję Kościołowi katolickiemu oraz uznającą katolicyzm za religię państwową. Nastąpił okres wewnętrznej odbudowy struktury kościelnej pod kierunkiem bardzo dynamicznego kardynała Cerejeira, patriarchy Lizbony. Ostatecznie stabilizował sytuację Kościoła w Portugalii zawarty w roku 1940 konkordat między rządem portugalskim a Stolicą Apostolską. Podpisane wówczas "Porozumienie Misyjne" spowodowało jednak wiele napięć między państwem a Kościołem wokół problemów kolonii portugalskich.
Od wieku XV rozpoczęła się ekspansja zamorska Portugalii. Na plan pierwszy wysuwano nie tyle podboje, ile zapał w krzewieniu wiary chrześcijańskiej i niesienie misji cywilizacyjnej. Wprawdzie podbite terytoria nie były według prawa portugalskiego koloniami, gdyż włączono je do metropolii, a tubylcom nadano obywatelstwo portugalskie. Jednakże była to mistyfikacja, która nie mogła być podtrzymywana w dobie ruchów narodowo-wyzwoleńczych. "Porozumienie Misyjne" ułatwiało pracę misyjną na portugalskich terenach zamorskich, ale przyłączało Kościół portugalski do programu kolonizacyjnego państwa. Misjonarze chcieli jednak służyć bliźniemu wyłącznie w duchu ewangelicznym, a gdy na ruchy wolnościowe w koloniach odpowiedziano terrorystycznymi pacyfikacjami, dokony[89]wanymi przez wojska portugalskie, publicznie zaprotestowali misjonarze, poparli ich biskupi. Wielu duchownych postawiono wówczas przed sądami. Nie oznacza to wcale, że wśród hierarchii nie było postaw kompromisu politycznego z władzą, ale coraz bardziej widoczna była w życiu publicznym społeczna nauka Kościoła, podkreślanie godności i praw człowieka, sprawiedliwości i pokoju. Kościół portugalski kierowany przez kardynała Cerejeira, a od roku 1972 przez kardynała Ribeira oraz pod wpływem impulsów Soboru Watykańskiego II w ostatnich dziesięcioleciach przeżył wyraźnie ożywienie religijne. Aktywna i odpowiedzialna postawa w życiu publicznym pozwoliła katolikom i episkopatowi zaakceptować i w pewnym stopniu włączyć się w nurt zapoczątkowany przez tzw. Ruch 25 kwietnia. Obecnie stosunki państwo - Kościół w Portugalii oparte o konkordat z roku 1940 rozwijają się w sposób satysfakcjonujący obie strony.
Do tego kraju przybywa Ojciec Święty Jan Paweł II. Przybywa z pielgrzymką dziękczynną do sanktuarium Matki Boskiej w Fatimie. Miejsce to od roku 1917 jest miejscem pątniczym. 13 maja 1917 r. trojgu dzieciom - Łucji, Hiacyncie i Franciszkowi - pasącym owce w pobliżu wioski Cova da Iria ukazała się wśród gałęzi dębu postać Matki Bożej. Dzieci widziały kilkakrotnie Maryję, zawsze 13 każdego miesiąca. W październiku "Nasza Pani" - jak h do dziś się nazywa w Portugalii - przedstawiła się: "Jestem Matką Boską Różańcową". Młodsze dzieci, Hiacynta i Franciszek zmarły w czasie wielkiej epidemii grypy-hiszpanki, natomiast Łucja wstąpiła do zakonu karmelitanek w Coimbrze. Objawienie w Fatimie zyskało ogromny rozgłos, w jego miejscu zbudowano wspaniałą bazylikę. Kult Naszej Pani z Fatimy każdego 13 dnia miesiąca ściąga z Portugalii i całego świata tysiące pielgrzymów, którzy modlą się na olbrzymiej esplanadzie pokrytej granitową kostką obniżającą się ku portykom bazyliki podobnym do kolumnady Berniniego w Rzymie. 13 maja i 13 października wokół maleńkiej kapliczki i dębu, miejsca pierwszej wizji, gromadzą się już nie tysiące, ale setki tysięcy pątników. 13 maja klęknie tam Jan Paweł II, by podziękować Matce Bożej za ocalenie życia w dniu 13 maja 1981 r. na placu Św. Piotra, gdy został ugodzony kulami zamachowca. Wraz z Ojcem Świętym przed Królową Świata klęknie tam cała Portugalia.