Od 24 listopada do 8 grudnia 1985 r. obradował w Rzymie II Nadzwyczajny Synod Biskupów, zwołany przez Papieża z okazji 20-lecia zakończenia Soboru Watykańskiego II dla zorientowania się, jak zostały wprowadzone w życie uchwały tego Soboru i czego jeszcze trzeba, by dokonała się w pełni reforma soborowa.

W Synodzie uczestniczyło 14 patriarchów i innych przedstawicieli Kościołów wschodnich, 102 przewodniczących Konferencji Biskupich, 24 przewodniczących instytucji Kurii Rzymskiej oraz 20 innych biskupów i 5 kapłanów (w tym 3 generałów zakonnych), razem 165 Ojców z prawem głosu, z których 63 brało udział w Soborze. Przewodniczył Ojciec Święty, który często brał udział w sesjach, i trzej jego delegaci: kard. J. Król z USA, kard. J. Malula z Zairu i kard. J. Willebrands z Holandii. Na Synodzie było też 15 audytorów katolickich, w tym Matka Teresa z Kalkuty, i 10 obserwatorów wydelegowanych przez Kościoły niekatolickie, z którymi Kościół katolicki prowadzi dialog.

Na Mszy św. inauguracyjnej, odprawionej w święto Chrystusa Króla, młodzież wniosła do bazyliki Piotrowej Krzyż Świętego Roku Odkupienia, pielgrzymujący przez kraje europejskie, który "uczy nas jak powiedział jej delegat - że nie oczekuje nas przyszłość ciemna pełna zagrożeń, ale radosna perspektywa życia, radosna, chociaż pośród cierp1en tego świata". Jan Paweł II wezwał wiernych do modlitwy w intencji Synodu i zachęcił: "Weźcie do ręki ponownie dokumenty Soboru, wejdźcie w zażyłość z nimi, uczyńcie z nich pokarm waszej duchowości. W tekstach Soboru znajdziecie to, co Duch Święty mówi także dzisiaj Kościołowi".

Na początku obrad kard. G. Danneels z Brukseli przedstawił sytuację, w jakiej znajduje się dziś reforma soborowa, a uczynił to na podstawie odpowiedzi na ankietę rozesłaną przez Sekretariat Synodu. Stwierdza się większą świadomość religijną wiernych, głównie dzięki odnowie liturgicznej, głębsze przyjęcie przez nich treści Pisma świętego, lepsze zrozumienie postawy Kościoła, zwłaszcza jego stosunku do świata, dialog z innymi wyznaniami chrześcijańskimi. Są jednak i ciemne strony, spowodowane po części przez jednostronne tłumaczenie dokumentów soborowych, jak: zatracenie wielu form pobożności ludowej, sprowadzanie tego co święte do wygody wiernych, trudności [40]w przyjmowaniu nauki moralnej Kościoła lub otaczanie jej milczeniem.

Te i inne tematy omówiono szeroko w dyskusji synodalnej. W niektóre dni wypowiadało się do 40 mówców. Biskupi podkreślali, że z drogi wytyczonej przez Sobór nie można zawracać. Przypomniano, że prymat Piotra jest gwarancją jedności Kościoła. Zaproponowano wydanie katechizmu "wzorcowego", do którego mogłyby się odwoływać inne katechizmy. Kard. J. Glemp, Prymas Polski, powiedział, że Kościół w naszym kraju przyjął decyzje Soboru z powagą, wprowadzając je w życie pod roztropnym kierownictwem kard. St. Wyszyńskiego, dzięki czemu nie było u nas wielkich zamętów posoborowych. Jednak i tu pełnej reformie przeszkadza zeświecczenie i brak odwagi u niektórych duchownych, by głosić całą prawdę o czystości, małżeństwie, rozwodzie i przerywaniu ciąży.

Synod, tak jak przed 20 laty Sobór, zakończył się 8 grudnia, w uroczystość Niepokalanego Poczęcia NMP Ojciec Święty ze 160 Ojcami synodalnymi odprawił w bazylice św. Piotra uroczystą Mszę św., w czasie której zaznaczył, że Kościół widzi w Niepokalanej swój pierwowzór, zarazem dziewiczy i macierzyński, i że patrzy na sprawy przez pryzmat Niepokalanego Poczęcia, przeniknięty mocami Odkupienia, z których żyje i którymi zwycięża potęgę złego. Na zakończenie Mszy św. odczytano Orędzie Synodu do Ludu Bożego oraz odśpiewano Te Deum i Salve Regina. W orędziu Biskupi oświadczyli, że "Sobór Watykański II jest darem Boga dla Kościoła" i że "Kościół znajduje dziś w Soborze światło i moc". Kościół jednak nie może się odnowić, jeżeli nie zakorzeni się głębiej w sercach wiernych duchowe pojęcie jego tajemnicy, zwłaszcza powszechne powołanie do świętości. Trzeba też przyłożyć się lepiej do ewangelizacji świata, do której powołany jest każdy wierny, zgodnie ze swym stanem. Biskupi wezwali wszystkich do pracy "nad realizacją cywilizacji miłości, która jest planem Boga dla ludzkości w oczekiwaniu na przyjście Pana".

Została też opublikowana Relacja Końcowa Synodu. W relacji tej Ojcowie synodalni wyrazili wdzięczność Panu Bogu za łaskę Ducha Świętego, jaką był Sobór. Jednocześnie stwierdzili, że ujemne cechy życia Kościoła w okresie posoborowym wynikły z braku pełnego zrozumienia wskazań soborowych oraz należytego wprowadzenia ich w życie, jak też z pewnej ślepoty współczesnych na wartości duchowe i lekceważenia przez nich działania sił ciemności. Biskupi podkreślili, że w obecnych czasach, kiedy wielu ludzi przeżywa pustkę wewnętrzną i kryzys duchowy, należy rozwijać wśród wiernych zrozumienie sensu pokuty, modlitwy, adoracji, ofiary i poświęcenia. By zachować jedność w Kościele, nie można tolerować wątpliwego "pluralizmu" w odniesieniu do podstawowych zasad. Konferencje Episkopatów mają kierować się wyłącznie troską o dobro Kościoła. Kościół winien piętnować wszelką formę nędzy i bronić wszelkich praw człowieka, zwłaszcza człowieka nienarodzonego i prześladowanego za wiarę.

Ojciec Święty zamykając obrady Synodu Nadzwyczajnego wezwał wszystkich, by wprowadzali w życie jego wskazania gorliwie, z wielką miłością i z poczuciem obowiązku, łącząc to z modlitwą i pokutą, które są niezastąpione w prawdziwym postępie duchowym. 8 grudnia przed odmówieniem modlitwy Anioł Pański wyraził życzenie: "Oby Kościół zachowując wierność duchowi Jezusa Chrystusa szedł niestrudzenie w kierunku świata lepszego! Oby życie ludzkie na ziemi stawało się coraz bardziej godne człowieka, a równocześnie dojrzewało do swych wiecznych prze[z]naczeń w Bogu! O to prosimy za pośrednictwem Maryi, której Niepokalane Poczęcie stało się początkiem życie lepszego w Jezusie Chrystusie".